Le frequenze genotipiche possono subire cambiamenti anche nel caso in cui gli individui di una popolazione scelgano di accoppiarsi con partner dotati di genotipi particolari (un fenomeno chiamato accoppiamento non casuale). Per esempio, se la preferenza va agli individui con la stessa costituzione genetica, i genotipi omozigoti risulteranno più rappresentati di quanto previsto dall’equilibrio di Hardy-Weinberg. In altri casi può invece succedere che gli accoppiamenti avvengano preferibilmente o esclusivamente fra partner con genotipi diversi.

Esempi di accoppiamento non casuale si ritrovano anche nei vegetali. È il caso della primula, dove le singole piante producono fiori di uno solo fra due tipi possibili. Un tipo, detto a spillo, ha stilo (l’organo riproduttivo femminile) lungo e stami (gli organi riproduttivi maschili) corti. L’altro tipo, chiamato a tamburello, ha stilo corto e stami lunghi (▶figura 14).

In molte specie di primula con questa disposizione reciproca di organi, il polline proveniente da un tipo di fiore può fecondare soltanto fiori dell’altro tipo. Questo perché i granuli pollinici prodotti dai due tipi di fiore si depositano su parti anatomiche diverse degli insetti impollinatori e, quando l’insetto si sposta su un secondo fiore, i granuli di polline raccolti da fiori a spillo entrano più facilmente in contatto con gli stigmi di fiori a tamburello, e viceversa.

In numerosi gruppi di organismi, soprattutto vegetali, è frequente un’altra forma di accoppiamento non casuale: l’autofecondazione. In questo caso la frequenza degli eterozigoti si riduce rispetto a quanto previsto dall’equilibrio di Hardy-Weinberg.

È bene notare che questi tipi di accoppiamento non casuale alterano le frequenze genotipiche, ma non le frequenze alleliche, e quindi non producono adattamento. Esiste però anche una forma particolarmente importante di accoppiamento non casuale, capace di cambiare le frequenze alleliche: la selezione sessuale.