Il secondo livello di regolazione dell’espressione genica corrisponde alla trascrizione. Nel caso di alcune proteine, per esempio, il meccanismo di regolazione è la trascrizione differenziale dei geni. I geni cosiddetti «domestici» o housekeeping (ovvero quei geni che codificano proteine coinvolte in processi metabolici fondamentali per ogni cellula vivente, come gli enzimi della glicolisi) sono trascritti tanto dalle cellule del cervello quanto da quelle del fegato.

Però, le cellule del fegato trascrivono alcuni geni specifici delle proteine epatiche e le cellule del cervello trascrivono altri geni specifici delle proteine encefaliche, e nessuno dei due tipi di cellule trascrive i geni che codificano le proteine caratteristiche del muscolo, del sangue, del tessuto osseo o di altri tipi di cellule specializzate dell’organismo.