In seguito, una serie di geni dell’embrione definisce la posizione di ciascuna cellula in un segmento rispetto agli assi corporei. Il risultato finale è che ogni cellula «sa» con precisione dove si trova all’interno dell’embrione. Questi geni, detti geni per la segmentazione, vengono espressi quando l’embrione possiede circa 6000 cellule e codificano proteine che determinano il numero dei segmenti, i confini tra le varie regioni e la polarità dei segmenti. Diverse classi di geni regolano, in sequenza, i dettagli sempre più fini della segmentazione (▶figura 16).

Vediamo in dettaglio come agiscono i geni per la segmentazione:

• I geni gap organizzano ampie aree somatiche lungo l’asse antero-posteriore; mutazioni a livello dei geni gap portano alla mancanza di numerosi segmenti larvali.
• I geni pair rule dividono l’embrione in unità, ciascuna comprendente due segmenti. Mutazioni a livello dei geni pair rule portano alla formazione di larve che mancano del secondo segmento di ogni unità.
• I geni per la polarità dei segmenti determinano i confini e l’organizzazione antero-posteriore dei singoli segmenti. Mutazioni a livello di questi geni originano segmenti in cui le strutture posteriori risultano sostituite da strutture anteriori speculari.