I biologi molecolari hanno scoperto una sequenza di DNA che è uguale in tutti i geni omeotici. Questa sequenza si trova inoltre in numerosi geni per la segmentazione e in altri geni che codificano fattori di trascrizione.

La sequenza di DNA di 180 coppie di basi viene definita homeobox e codifica per un polipeptide di 60 amminoacidi, definito dominio omeotico, che si lega al DNA. Il dominio omeotico, con l’aiuto di altri fattori di trascrizione, riconosce una specifica sequenza di DNA del promotore dei geni che deve attivare.

Geni omeotici sono stati individuati in molti animali (▶figura 19), compreso l’uomo. Il fatto di trovare geni omeotici in organismi tanto distanti tra loro come piano corporeo e come storia evolutiva è una prova che essi sono comparsi molto presto nella storia del regno animale e che gran parte degli animali oggi esistenti li ha ereditati da un antenato comune molto antico.