L’enzima Eco RI è formato da due subunità contenenti due siti attivi identici, che tagliano contemporaneamente i due filamenti tra le basi G e A. In un tipico genoma procariotico, la sequenza di riconoscimento per Eco RI si trova in media una volta ogni 4000 coppie di basi (ossia una volta ogni quattro geni). Perciò questo enzima può tagliare un grosso pezzo di DNA in frammenti più piccoli che contengono, in media, soltanto pochi geni. L’espressione «in media» non significa che l’enzima tagli tutti i frammenti a intervalli regolari. Nelle 40000 coppie di basi del fago T7, per esempio, la sequenza di riconoscimento per Eco RI non compare neppure una volta, un fatto di vitale importanza per il virus, dato che il suo ospite è proprio E. coli.

Se impiegato in laboratorio per tagliare piccoli genomi (come quelli virali che possiedono solo decine di migliaia di coppie di basi), Eco RI produrrà pochi frammenti; invece, con i grandi cromosomi eucariotici costituiti da decine di milioni di coppie di basi, si otterranno molti frammenti.