Quando alcuni individui colonizzano un nuovo ambiente, è improbabile che portino con sé tutti gli alleli presenti nella popolazione di origine. Il cambiamento che si verifica nella variabilità genetica prende il nome di effetto del fondatore ed è equivalente a quanto accade in una grande popolazione decimata da un collo di bottiglia.

Gli scienziati hanno avuto modo di studiare la composizione genetica di due popolazioni fondatrici quando Drosophila subobscura, una specie ben studiata di moscerini della frutta originaria dell’Europa, venne scoperta nel 1978 vicino a Puerto Montt, in Cile, e nel 1982 a Port Townsend, nello Stato di Washington. Probabilmente gli individui fondatori avevano raggiunto il Cile su una nave proveniente dall’Europa; in seguito pochi moscerini cileni, trasportati da un’altra nave, fondarono la popolazione statunitense. Entrambe le popolazioni di moscerini sono cresciute rapidamente e hanno ampliato il loro areale (▶figura 13). Mentre le popolazioni europee di D. subobscura presentano 80 inversioni cromosomiche, le popolazioni americane ne hanno soltanto 20 (le stesse in America del Nord e del Sud).

Inoltre, per alcuni geni, nelle due popolazioni americane sono presenti soltanto quegli alleli che nelle popolazioni europee hanno una frequenza superiore a 0,10. Ciò significa che solo una piccola parte di tutta la variabilità genetica presente in Europa ha raggiunto le Americhe, come ci si aspetta quando la popolazione fondatrice è poco numerosa. Secondo le stime dei genetisti, le due popolazioni americane sarebbero state fondate da un numero di moscerini compreso tra 4 e 100.