Un allele soppressore agisce cancellando l’espressione di un allele mutante di un altro gene, dando luogo al normale fenotipo selvatico; per esempio, nel moscerino della frutta (Drosophila melanogaster) esiste un allele recessivo pd che produce occhi color porpora invece del normale colore rosso.

Un altro allele recessivo, chiamato su, sopprime l’espressione dell’allele pd. Pertanto, i moscerini omozigoti recessivi mostrano il fenotipo selvatico «occhi rossi».